Nach den Erfahrungen der letzten Jahrzehnte hat sich jedoch gezeigt, dass dem eine Reihe von grundsätzlichen Problemen entgegenstehen. Das Größte ist vermutlich das Risiko der Proliferation, d.h. der Weitergabe von Atomtechnologie zu nichtfriedlichen Zwecken. Dies betrifft in der Regel auch Material und Know-how, das eigentlich für friedliche Zwecke bestimmt war, welches dann aber oftmals auch für kriegerische oder gar terroristische Zwecke eingesetzt werden kann. Spätestens seit den Terrorattacken auf das World Trade Center vom September 2001 wird auch das Risiko von gezielten Anschlägen auf Kernkraftwerke als eine ernstzunehmende Bedrohung eingestuft.
Doch auch ohne Terroranschläge und Kriege geht eine erhebliche Gefahr von atomaren Einrichtungen aus. Völlig unbeantwortet - möglicherweise unbeantwortbar - bleibt die Frage, auf welchem Wege sich der Atommüll sicher und zugleich mit vertretbarem Aufwand endlagern lässt. Da ein großer Teil der radioaktiven Abfälle noch mehrere tausend Jahre strahlen wird, bürden wir kommenden Generationen eine hochgefährliche Hinterlassenschaft über einen Zeitraum auf, der die Länge der bisherigen kulturellen Entwicklung des Menschen weit übersteigt. Zum anderen hat eine ganze Reihe von Zwischenfällen - der schwerste davon in Tschernobyl 1986 - gezeigt, dass atomare Unfälle mehr als bloß ein zu vernachlässigendes Restrisiko sind.
Gelegentlich wird noch die Kernfusion - in ähnlicher Weise wie früher die Kernspaltung - als endgültige Lösung der Energieprobleme der Menschheit heraufbeschworen. Doch nach wie vor ist ihre Nutzung noch nicht einmal in greifbarer Nähe - niemand kann sagen, ob sie jemals in angemessenem Umfang anwendbar sein wird. Und die Fusionsforschung verschlingt Geldmengen, die zur geringen Erfolgsaussicht in keinem Verhältnis stehen. Schon alleine die Förderung durch die EU im Zeitraum 2002-2006 beträgt 750 Mio. Euro. Das Kostenargument trifft jedoch nicht alleine die Kernfusionsforschung, sondern die Kernenergienutzung insgesamt. So betrugen etwa die Subventionen für die Nuklearindustrie in Europa im Zeitraum 1974-98 rund 55 Mrd. Euro. Zudem wird die Atomenergie massiv dadurch subventioniert, dass a) die AKW-Betreiber die Risiken einer AKW-Katastrophe nur marginal versichern müssen, b) der Einsatz von Kernbrennstoffen - im Gegensatz zum Einsatz von Gas und Öl - zur Stromerzeugung nicht besteuert wird und c) die Entsorgungsrückstellungen (derzeit etwa 35 Mrd. €) den deutschen AKW-Betreibern steuerfrei zur Verfügung stehen, während sie in fast allen Staaten, in denen es Atomkraftwerke gibt, in öffentliche Fonds einzuzahlen sind (Quelle: DNR). Für die Einführung eines neuen Energieträgers mag eine solche Subvention sinnvoll sein, solange man von seiner Zweckmäßigkeit überzeugt ist. Eine auch noch Jahrzehnte nach der Einführung weiterlaufende Einspeisung öffentlicher Gelder ist jedoch eher als Dauersubvention und Marktverzerrung zu bezeichnen.
Vor dem Hintergrund all dieser Probleme kann die Kernenergie nicht als zukunftsfähig eingestuft werden. Viele Länder, darunter Deutschland, haben sich daher für eine Nicht-Nutzung oder gar einen Ausstieg aus ihrer Nutzung entschieden.
