Phase 1 wird oft als eine "Testphase" bezeichnet, in der Erfahrungen für die "Hauptphase" (2008-12) gesammelt werden sollen. Damit die dabei gesammelten Erfahrungen real anwendbar sind, müssen natürlich schon in der 1. Phase Bestimmungen gelten, die reale Bedingungen schaffen. Dies gilt auch für die Höhe der für Phase 1 anvisierten Emissionsziele, d.h. diese müssen einen echten Zwischenschritt hin zur Phase 2 darstellen.

Für jede Anlage (soweit sie unter die Richtlinie fällt), muss der Betreiber eine Genehmigung einholen. Diese Beantragung der Genehmigung und die Zuweisung von Zertifikaten sind zwei voneinander getrennte Vorgänge.

Für die (später noch näher erläuterte) Zuweisung der Zertifikate gibt die Richtlinie vor, dass dabei u.a. bisherige Klimaschutzmaßnahmen von Unternehmen ("Early Action") honoriert werden können . Dies ist sinnvoll, um freiwillige, frühe Investitionen in den Klimaschutz nicht zu bestrafen. In der Praxis ist allerdings die Differenzierung zwischen "echten early actions" und Scheinmaßnahmen relativ schwierig bzw. aufwendig.