Für die Anfangsausstattung sind derzeit zwei Zuteilungsmethoden im Gespräch. Das Benchmarking orientiert sich am Stand der Technik, und gibt somit einen starken Impuls in Richtung effizienterer Technologien. Bei entsprechender Ausgestaltung können Benchmarks zudem einen Anreiz zur Nutzung emissionsarmer Brennstoffe geben (siehe auch unten). Leider ist die Festlegung von Anfangsausstattungen nach dieser Methode sehr zeitaufwendig, da tausende verschiedene Produktionsprozesse verglichen werden müssen. Aus diesem Grund wird für den größten Teil in der ersten Phase die kostenfreie Zuteilung auf Basis historischer Emissionen (Bestandsschutzmethode) gewählt werden müssen (auch "Grandfathering" genannt; dieser Begriff beruht auf dem Motto: "was mein Großvater ausstoßen durfte, das darf auch ich").

Wenn man z.B. für das Jahr 2008 in weiteren oder allen Branchen auf einen Benchmark-Ansatz umstellen will, dann müsste man dies schon vor dem Start des Emissionshandels (2005) eindeutig festlegen. Ansonsten würde man durch solch einen Systemwechsel erhebliche rechtliche und ökonomische Probleme hervorrufen.